A la hora de organizarnos tenemos diferentes estructuras en función de los ámbitos geográficos (local, regional y nacional). En el ámbito local están las agrupaciones, núcleos y hogares, centros permanentes de educación en el tiempo libre donde se refleja la vida de la OJE y se realizan la mayor parte de las actividades de fin de semana.
La unión de los núcleos, agrupaciones y hogares que existan dentro de una misma comunidad autónoma constituyen una OJE Regional, y el conjunto de la OJE en todas las comunidades autónomas, constituye la OJE.
Los órganos de gobierno nacionales son:
- La Junta y su Presidencia:
Está compuesta por vocales elegidos por las Juntas Regionales para mandatos de tres años y se reúne al menos una vez al año. La preside el Presidente de la OJE. Es el órgano supremo de la OJE, con los más amplios poderes de decisión.
- El Consejo Rector:
Es el órgano formado por la Presidencia de la Junta Nacional, algunos de los Secretarios Nacionales y un número de vocales elegidos por la Junta Nacional entre diferentes estamentos de la misma. Su misión fundamental es ejercer las competencias de la Junta Nacional cuando no está reunida, dirigir la vida de la organización y ejercer las más amplias facultades de gestión, disposición y administración de los bienes de la OJE.
- Comisión Ejecutiva Nacional:
Formado el Presidente, Vicepresidente, Secretario de Órganos de Gobierno, Secretario General, los distintos Secretarios Nacionales y los Presidentes a nivel regional en las distintas comunidades autónomas. Dirige, en nombre del Consejo Rector, el funcionamiento cotidiano de la OJE y ejecuta y desarrolla los acuerdos de la Junta Nacional y del Consejo Rector.
Equipo Nacional.
Dirige, en nombre del Consejo Rector, el funcionamiento cotidiano de la OJE y ejecuta y desarrolla los acuerdos de la Junta Nacional y del Consejo Rector.